הונאה הייתה אחת העיקריות בעיות מסחר אלקטרוני כמעט מתחילת העסקאות המקוונות הראשונות, ובשנים האחרונות חברות שונות שנפגעו מהונאה החלו לנקוט בכמה צעדים כדי להילחם בה. סוג של פשעי סייבר שמכניסים את העסקים המושפעים לבעיות רווחיות חמורות.
מחקרים גילו זאת חברות מסחר אלקטרוני הם בדרך כלל מאבדים כ5-7% מהרווחים שלהם בגלל הונאה. מבין כל סוגי ההונאות שקורות בדרך כלל, החזרה למוצא (מוצרים המוחזרים למוכר) היא אחת הנפוצות ביותר. ידוע מכמה אתרי מסחר אלקטרוני שהם נאלצו לסגור את מכירותיהם מכיוון שאחוז החזרתם למוצא היה גדול מ- 35% מכלל המוצרים שנמכרו.
יש מספר רב מקרי הונאה בתמורה למוכר, לפעמים זה אפילו נובע ממתחרים בשוק הפונים לנהלים לא אתיים כדי להפיל את המתחרים שלהם, מה שגורם להם להפסיד כסף על ידי הרוויה של לוגיסטיקת ההחזר שלהם. סוג הונאה נפוץ נוסף הוא שכפול מוצרים. מקרה מוזר מאוד קרה עם אמזון בו גברת השקיעה שנתיים בהחזרת מוצרים למוכר לאחר שהחליפה אותם בשכפול זול. אם אפילו אמזון יכולה להיות קורבן להונאות מסוג זה, דמיין לעצמך מה יכולות להיות החברות הקטנות ביותר.
אחר סוג התקפה מרמה שיכול לקרות זה של האקרים. אין צורך להסביר את מהות ההליכים המדויקים שלהם, אולם הם עוסקים בטכניקות שגורמות למוכרים להאמין כי נשלח להם התשלום עבור המחיר הכולל של הרכישה, אך באמת נשלח תשלום של 0.01% בלבד המחיר הכולל. כאשר המוכרים מבינים זאת, החבילה כבר נשלחה והתקבלה על ידי הנמען.